Pagaritöökoja ruumide koosseis määratakse olenevalt tootmisprogrammi mahust ja väljastatava toodangu sortimendist. Suure töömahuga ettevõttes, mis toodavad mitmesuguseid pagaritooteid, peavad olema järgmised ruumid: ladu, sõtkumis-, tükeldus-, küpsetus-, jahutusruumid, ruum täidistoodete valmistamiseks, pesemisruum taara ja nõude jaoks ning ekspeditsiooniruum.

Tootmisruumidel peab olema küllaldane pindala, vastav viimistlus, hea valgustus, õigesti organiseeritud ventilatsioon, kuuma ja külma vee varud, optimaalne õhutemperatuur ja vajalik sisustus. Tootmisruumis ei tohi olla tuuletõmbust ega tugevat õhuliikumist, mis kuivatab tooteid ning tekitab taina pinnal kooriku, halvendades kerkimist.Tootmisruumi pindala sõltub ettevõtte tüübist, võimsusest ja töö iseloomust (tooraine või pooltoodete baasil). Ruumide planeerimisel on vaja vältida tooraine kokkupuutumist valmistoodetega. Ladude läheduses peab olema küllaldaselt ruumi toiduainete mahalaadimiseks. Tootmisruumide asetus peab vastama tehnoloogilisele protsessile, kusjuures eeltöötlemine peab olema eraldatud kuumtöötlemisest. Laod peavad asuma võimalikult lähedal tootmisruumidele, kui eeltöötlemisruumid paiknevad laoruumide kõrval.

Toodete mahajahutamiseks peab olema eraldi ruum küpsetusruumi läheduses, samuti ühenduses ekspeditsiooniruumiga. Jahuruum peab olema jahe, temperatuur 10-15C, hästi ventileeritav, õhuniiskus mitte rohkem kui 75%